根據我國現行海關法令規定：
  1.保稅倉庫對所存放的貨物，應有專人負責，要求于每月的前五天內將上月所存貨物的收、付、存等情況列表報送當地海關核查。
  2.保稅倉庫中不得對所存貨物進行加工，如需改變包裝、加刷嘜碼，必須在海關監管下進行。
  3.海關認為必要時，可以會同保稅倉庫的經理人，雙方共同加鎖，即實行聯鎖制度。海關可以隨時派員進入倉庫檢查貨物的儲存情況和有關帳冊，必要時要派員駐庫監管。
  4.保稅貨物在保稅倉庫所在地海關入境時，深圳至香港運貨公司或其代理人(如貨主委托保稅倉庫辦理的即由保稅倉庫經理人)填寫進口貨物報關單一式三份，加蓋“保稅倉庫貨物”印章，并注明此貨物系存入保稅倉庫，向海關申報，經海關查驗放行后，一份由海關留存，二份隨貨帶交保稅倉庫。保稅倉庫經理人應于貨物入庫后即在上述報關單上簽收，其中一份留存保稅倉庫，作為人庫的主要憑證，一份交回海關存查。
  5.貨主在保稅倉庫所在地以外的其他口岸進口貨物，應按海關對轉口運輸貨物的規定辦理轉口手續。貨物運抵后再按上述規定辦理入庫手續。
  6.保稅貨物復運出口時，深圳至香港運貨公司或其代理人要填寫出口貨物報關單一式三份并交驗進口時由海關簽印的報關單，向當地海關辦理復運出口手續，經海關核查與實貨相符后簽印，一份留存，一份發還，一份隨貨帶交出境地海關憑以放行貨物出境。
  7.存放在保稅倉庫的保稅貨物要轉為國內市場銷售，貨主或其代理人必須事先向海關申報，遞交進口貨物許可證件，進口貨物報關單和海關需要的其他單證，并交納關稅和產品(增值)稅或工商統一稅后，由海關核準并簽印放行。保稅倉庫憑海關核準單證發貨，并將原進口貨物報關單注銷。
  深圳至香港運貨公司要依靠海關辦好保稅倉庫，因此必須充分協作配合，保稅倉庫經營者要嚴格執行海關的法令規定，海關需要的報表應及時報送，海關要檢查的帳冊，須完整無誤，發生問題應及時向海關報告，請求處理，以利海關監管。在這個前提下，海關力求簡化手續，提供方便，共同把保稅倉庫辦好，以充分發揮保稅倉庫的優越性，為發展對外經濟貿易服務。